Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca ad 5

Panel F pokazuje analizę Western blot komórek HeLa, które przejściowo nadekspresją cDNA ASGR1 typu dzikiego lub zmutowanego cDNA ASGR1 bez fragmentu 22 pz pod koniec eksonu 4 (22bpdel). Na ostatnim pasie komórki HeLa transfekowane cDNA o masie 22 bp traktowano inhibitorem proteosomu MG-132 przez 4,5 godziny. Zastosowane przeciwciało ASGR1 rozpoznaje aminokwasy do 41 białka ASGR1. Blot w środkowym panelu miał dłuższy czas ekspozycji, aby wykryć skrócone białko ASGR1 po traktowaniu MG-132 niż te w górnych i dolnych panelach. Zbadaliśmy wpływ del12 na składanie eksonów 4 i 5 ASGR1 na testy PCR (Figura 1A) i obserwowaliśmy dwa produkty PCR generowane z informacyjnego RNA (mRNA) w próbkach krwi pobranych od nosicieli del12, podczas gdy wykryto tylko większy produkt w noncarriers (rysunek 1B). Sekwencja mniejszego produktu miała delecję 22 bp na końcu eksonu 4 (Figura 1C), co było prawdopodobnie wynikiem miejsca składania pseudo dawcy w eksonie 4 (Figura 1D). Bezpośrednie cyfrowe zliczanie odczytów sekwencyjnych dostarczyło przybliżone oszacowanie frakcji transkryptów mRNA ASGR1 w komórkach krwi 13 nośników del12, które zostały nieprawidłowo splicowane. Continue reading “Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca ad 5”

Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca czesc 4

Wariant del12 był również związany ze zwiększonym poziomem cholesterolu HDL i obniżonym poziomem triglicerydów, chociaż związek był słabszy niż przy obniżonym poziomie cholesterolu nie-HDL i cholesterolu LDL (Tabela 1). Zbadaliśmy także związek między poziomem della i lipidów w próbkach z Holandii18 i Danii19,20 (tabela oraz tabele S1 i S3 w dodatkowym dodatku) i zaobserwowano związek między poziomem cholesterolu della i nie-HDL z wielkościami efektu podobnymi do obserwowanych w próbie z Islandii (P = 0,24 dla heterogeniczności). Po połączeniu wszystkich zestawów danych (w tym islandzkich danych dotyczących odkrycia) odkryliśmy, że del12 wiązało się z obniżeniem cholesterolu nie-HDL o 15,3 mg na decylitr (95% CI, 11,7 do 18,9 [0,40 mmol na litr, 95% CI, 0,30 do 0,49], P = 1,0 x 10-16).
Wpływ del12 na łączenie mRNA ASGR1
Rysunek 1. Rysunek 1. Błąd łączenia i przesuw Frames w ASGR1 Utworzony przez del12.Panel A pokazuje przegląd struktury mRNA informacyjnego ASGR1 z podświetleniem eksonów 4 i 5. Rzadka niekodująca 12-parowa para (bp ) delecja (del12) leży w intronie 4, który znajduje się między eksonami 4 i 5. Continue reading “Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca czesc 4”

Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca cd

Wśród próbek z przypisanymi genotypami, 119, 146 uzyskało informacje o poziomach cholesterolu nie-HDL w surowicy (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Niektóre analizy, które przeprowadziliśmy na tych danych, opisano wcześniej.15,16 Zidentyfikowaliśmy zestaw siedmiu skorelowanych niekodujących polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) na chromosomie 17p13.1 (parami r2> 0.70), które mają związek z nie-HDL poziomy cholesterolu. Siedem wariantów obejmuje 80 kb, w tym ASGR1 i ASGR2, które kodują podjednostki receptora asialoglikoproteinowego. Najsilniejsze skojarzenie zaobserwowano dla mniejszego allelu rs186021206 zlokalizowanego 7,3 kb w dół od ASGR1 (częstość mniejszych alleli, 0,43%). Ten allel wiąże się z obniżeniem cholesterolu nie-HDL o 12,9 mg na decylitr (95% przedział ufności [CI], 8,7 do 17,1 [0,33 mmol na litr, 95% CI, 0,22 do 0,44]; P = 1,4 x 10- 9) (tabela S3 w dodatkowym dodatku). Chociaż ten siedmiokrotny region SNP był dobrze pokryty odczytami uzyskanymi na sekwencjonowaniu całego genomu, uzyskaliśmy małe pokrycie intronu 4 ASGR1, który jest wzbogacony w guanozynę (G) i reszty cytozyny (C), a zatem trudny do sekwencjonowania. W ten sposób zsekwencjonowaliśmy całe genomy 738 uczestników za pomocą metody wolnej od PCR, która jest lepiej dostosowana do otrzymywania sekwencji bogatych w GC traktatów i obserwowała del2 w intronie 4 (sekwencja referencyjna NCBI, NM_001671.4; c.284-36_283 + 33delCTGGGGCTGGGG). Continue reading “Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca cd”

Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca ad

Szczegółowe informacje dotyczące 10 zestawów próbek kontrolujących przypadki znajdują się w sekcji Metody i w tabeli S2 w dodatkowym dodatku. Generowanie i analiza danych
Użyliśmy mikromacierzy Illumina do genotypowania islandzkich próbek, jak opisano wcześniej.11 Sekwencjonowaliśmy genomy 2636 Islandczyków przy użyciu standardowych metod TruSeq (Illumina) do średniej głębokości co najmniej 10 × (mediana, 20 ×), analizy, która również opisano wcześniej11 i opisano w sekcji Metody w dodatkowym dodatku. Wygenerowaliśmy dane sekwencyjne od 738 Islandczyków, stosując metodę wolnej od łańcuchów reakcji polimerazy TruSeq (PCR) (Illumina, średnia głębokość, 30 x) w celu polepszenia pokrycia bogatą w GC sekwencję intronu 4 w ASGR1, która koduje podjednostkę receptor asialoglikoproteinowy.
Aby uzyskać wiarygodne przypisanie wariantu z niekodującą delecją 12-par zasad (delp) (del12), która nie jest łatwo wywoływana z danych dotyczących sekwencji całego genomu, genotypowaliśmy próbki uzyskane od 3799 Islandczyków i wykorzystaliśmy te genotypy jako trening zestaw do przypisania del12 pozostałym mieszkańcom Islandii. Informacja o imputacji dla del12 wynosiła 0,99. (Szczegóły dotyczące imputacji genotypu znajdują się w sekcji Metody w dodatkowym dodatku.) W przypadku drugiego wariantu utraty funkcji, p.W158X, przeprowadziliśmy sekwencjonowanie Sangena na próbkach pobranych od 345 uczestników, w tym 79 przewoźników i 270 nieobciążających wariant p.W158X i wykorzystał genotypy do ulepszenia imputacji wariantu w islandzkim zbiorze danych. Informacja o imputacji dla p.W158X wynosiła 1,00. Continue reading “Wariant ASGR1 związany ze zmniejszonym ryzykiem choroby niedokrwiennej serca ad”